- 2006年度计算所所长奖特别奖获得者：刘军发
- 2006年度计算所所长奖优秀奖获得者：郑清芳
- 2006年度诺基亚博士生奖获得者：李德泉
- 2006年度诺基亚硕士生奖获得者：宋凯
- 2006年中科院刘永龄奖获得者：张京芬
- 2006年中科院优秀博士论文奖获得者：马思伟
- 2005年度计算所所长奖特别奖获得者：霍龙社
- 2005年度计算所所长奖优秀奖获得者：李德泉、叶齐祥
- 2005年度sony奖优秀奖获得者：
孙俊、苗军、张鹏、赵峰、高奎（两篇）、张良国、秦磊
- 2005年度sony奖三等奖获得者：
叶齐祥
- 2005年度中国科学院院长特别奖获得者：
马思伟
- 2004年度计算所联想奖学金博士生奖：霍龙社
- 2004年度计算所所长奖优秀奖：曹波
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- 2004年度“微软学者”奖学金获得者：付岩
- 2004年度计算所所长奖特别奖获得者：付岩
- 2004年度中国科学院优秀博士论文：
陈益强
- 2004年度中国科学院院长优秀奖获得者：
姜大龙、苗军
- 2003年度计算所所长奖学金优秀奖获得者：曹波、田永鸿
- 2003年度诺基亚博士生奖获得者：马思伟
- 2003年度中国科学院院长奖优秀奖获得者：山世光
- 2003年度中国科学院刘永龄奖学金获得者：庞斌
- 2003年度“微软学者”奖学金获得者：方高林
- 2002年度中国科学院院长奖优秀奖获得者：陈益强、段立娟
- 2002年度中国科学院刘永龄奖学金获得者：焦峰（二等奖）
- 2001年度中国科学院院长奖优秀奖获得者：王伟强
- 2001年度“微软学者”奖学金获得者：张洪明
- 2000年度“微软学者”奖学金获得者：苗军
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